Santiago-Pontones ya estaba habitado sobre el año 9250 a.C., se ha documentado una pequeña ocupación humana en la Cueva del Nacimiento, localizada junto al Nacimiento del Río Segura.  Esta comunidad está considerada de las más antiguas de la provincia y  vivía de la caza del ciervo. Se ha encontrado material cerámico e industria lítica que documentan que la Cueva del Nacimiento también estuvo ocupada durante el Neolítico, a mediados del VI milenio a.C. Las pinturas rupestres presentes en las cuevas del Engarbo, Río Frío y Cañada de la Cruz, también son muestra de la ocupación de estos sitios durante la época del Neolítico.

Durante la época ibérica, finales del III milenio y II a.C., en el abrigo de “Río Frío”, concretamente en el cerro del Castellón, se ha encontrado un oppidum ibérico y su necrópolis. Además durante esta etapa estuvo bajo la protección del gran centro ibérico de Toya (Peal del Becerro).

De la época entre los siglos III al I a.C data el Tesoro de Santiago, encontrado por  unos labradores en los años 40. Un conjunto de magníficas obras de orfebrería de estilo tartésico-ibérico, púnico, y otras emparentadas con piezas etruscas, celtas, etc. entre las que se puede destacar un juego de pendientes de oro de carácter púnico y en forma de racimo de uva, de manufactura indígena ibérica, pero de estilo púnico, que inserta una figura de mujer alada. Compuesto por más de cien objetos y fragmentos que por su técnica y arte están considerados entre las obras clave del arte ibérico según los autores. Se conserva en el Instituto Valencia de Don Juan en Madrid.

Castillo de Miller.

De la época musulmana también quedan rastros de recintos fortificados en Santiago-Pontones, entre los que se puede destacar el Castillo de Miller, de este se conservan cuatro hiladas fabricadas en sillares de piedra devastada  y gran tamaño, en su interior estructuras rectangulares.

En 1247 las tierras de Santiago-Pontones fueron conquistadas a los árabes por la Orden de Santiago, pasando a formar parte de los dominios de la misma y fue en el siglo XV cuando Santiago de la Espada se forma como núcleo de población, sobre el año 1525, denominándose El Hornillo, o Puebla de Santiago, como lo llamó la Encomienda de Santiago.

Los fundadores del núcleo El Hornillo fueron ganaderos trashumantes vecinos de Cuenca, que se reunían en torno a un hornillo donde cocían el pan, de ahí su nombre. Muchos de estos ganaderos se establecieron de forma definitiva y posteriormente llegaron también de Segura, Siles y Alcaraz, de manera que, pasados unos 50 años, el núcleo alcanzó alrededor de los 100 vecinos, de los que 20 eran labradores y 14 señores de ganado.

Horno de leña en La Ballestera.

Fue declarada aldea en 1570 por el rey Felipe II, aunque dependiente de la jurisdicción de Segura de la Sierra y se le otorga el nombre de Puebla de Santiago, por orden del Mariscal de León, don Cristóbal López de Aguilera. Con posterioridad el 30 de Noviembre de 1637 se le concede el villazgo con el nombre de Villa de Santiago. Finalmente, entre 1770 y 1776, se le concede su nombre actual: Santiago de la Espada.

Los pontones, apoyos del puente sobre los que se colocan la vigas y tablas, fueron muy usados por los antiguos pobladores de Pontones, debido a su ubicación en el curso del Río Segura, y es por este motivo por el que se le conoce con este nombre. En tiempo de Felipe II fue un caserío de Segura de la Sierra llamado el Pontón.

A partir de 1580, al igual que Puebla de Santiago, sus actividades laborales, jurídicas y económicas, estuvieron reguladas por las Ordenanzas del Común de Segura y con posterioridad formó parte de la Provincia Marítima.

Escudo de Santiago-Pontones

En 1837 consiguió su independencia, con un término municipal próximo a 200 kilómetros cuadrados y denominándose “Pontones del Segura”, hasta 1975 que se fusionó con Santiago de la Espada para formar el municipio actual de Santiago-Pontones.

Posteriormente la totalidad del territorio del municipio de Santiago-Pontones será incluido en las diferentes declaraciones de protección y conservación que llegarán a la Sierra de Segura a partir de los años 60: el 21 de julio de 1960 será incluido en el Coto Nacional, el 30 de junio de 1983 será declarado por la UNESCO como reserva de la biosfera, el 5 de febrero de 1986 se declarará como Parque Natural y, en 1988 será declarado como zona de especial protección de las aves (Z.E.P.A.) por la CEE, por último 1998. Sus pinturas rupestres son declaradas Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO.